Publications by Machado Lab members

H. E. Machado, N. F. Øbro, N. Williams, S. Tan, A. Z. Boukerrou, M. Davies, M. Belmonte, E. Mitchell, E. J. Baxter, N. Mende, A. Clay, P. Ancliff, J. Köglmeier, S. B. Killick, A. Kulasekararaj, S. Meyer, E. Laurenti, P. J. Campbell, D. G. Kent, J. Nangalia, A. J. Warren, Convergent somatic evolution commences in utero in a germline ribosomopathy. Nat Commun. 14, 5092 (2023).

H. E. Machado, E. Mitchell, N. F. Øbro, K. Kübler, M. Davies, D. Leongamornlert, A. Cull, F. Maura, M. A. Sanders, A. T. J. Cagan, C. McDonald, M. Belmonte, M. S. Shepherd, F. A. Vieira Braga, R. J. Osborne, K. Mahbubani, I. Martincorena, E. Laurenti, A. R. Green, G. Getz, P. Polak, K. Saeb-Parsy, D. J. Hodson, D. G. Kent, P. J. Campbell, Diverse mutational landscapes in human lymphocytes. Nature. 608, 724–732 (2022).

E. Mitchell, M. Spencer Chapman, N. Williams, K. J. Dawson, N. Mende, E. F. Calderbank, H. Jung, T. Mitchell, T. H. H. Coorens, D. H. Spencer, H. Machado, H. Lee-Six, M. Davies, D. Hayler, M. A. Fabre, K. Mahbubani, F. Abascal, A. Cagan, G. S. Vassiliou, J. Baxter, I. Martincorena, M. R. Stratton, D. G. Kent, K. Chatterjee, K. S. Parsy, A. R. Green, J. Nangalia, E. Laurenti, P. J. Campbell, Clonal dynamics of haematopoiesis across the human lifespan. Nature. 606, 343–350 (2022).

H. E. Machado, A. O. Bergland, R. Taylor, S. Tilk, E. Behrman, K. Dyer, D. K. Fabian, T. Flatt, J. González, T. L. Karasov, B. Kim, I. Kozeretska, B. P. Lazzaro, T. J. Merritt, J. E. Pool, K. O’Brien, S. Rajpurohit, P. R. Roy, S. W. Schaeffer, S. Serga, P. Schmidt, D. A. Petrov, Broad geographic sampling reveals the shared basis and environmental correlates of seasonal adaptation in Drosophila. eLife. 10, e67577 (2021).

F. Abascal, L. M. R. Harvey, E. Mitchell, A. R. J. Lawson, S. V. Lensing, P. Ellis, A. J. C. Russell, R. E. Alcantara, A. Baez-Ortega, Y. Wang, E. J. Kwa, H. Lee-Six, A. Cagan, T. H. H. Coorens, M. S. Chapman, S. Olafsson, S. Leonard, D. Jones, H. E. Machado, M. Davies, N. F. Øbro, K. T. Mahubani, K. Allinson, M. Gerstung, K. Saeb-Parsy, D. G. Kent, E. Laurenti, M. R. Stratton, R. Rahbari, P. J. Campbell, R. J. Osborne, I. Martincorena, Somatic mutation landscapes at single-molecule resolution. Nature. 593, 405–410 (2021).

H. E. Machado, D. S. Lawrie, D. A. Petrov, Pervasive Strong Selection at the Level of Codon Usage Bias in Drosophila melanogaster. Genetics. 214, 511–528 (2020).

Tovy, J. M. Reyes, M. C. Gundry, L. Brunetti, H. Lee-Six, M. Petljak, H. J. Park, A. G. Guzman, C. Rosas, A. R. Jeffries, E. Baple, J. Mill, A. H. Crosby, V. Sency, B. Xin, H. E. Machado, D. Castillo, J. N. Weitzel, W. Li, M. R. Stratton, P. J. Campbell, H. Wang, M. A. Sanders, M. A. Goodell, Tissue-Biased Expansion of DNMT3A-Mutant Clones in a Mosaic Individual Is Associated with Conserved Epigenetic Erosion. Cell Stem Cell. 27, 326-335.e4 (2020).

S. C. P. Renn, H. E. Machado, N. Duftner, A. K. Sessa, R. M. Harris, H. A. Hofmann, Gene expression signatures of mating system evolution. Genome (2017).

H. E. Machado, A. O. Bergland, K. R. O’Brien, E. L. Behrman, P. S. Schmidt, D. A. Petrov, Comparative population genomics of latitudinal variation in Drosophila simulans and Drosophila melanogaster. Molecular Ecology. 25, 723–740 (2016).

H. E. Machado, G. Jui, D. A. Joyce, C. R. Reilly, D. H. Lunt, S. C. Renn, Gene duplication in an African cichlid adaptive radiation. BMC Genomics. 15, 161 (2014).

J. R. Adrion, A. Kousathanas, M. Pascual, H. J. Burrack, N. M. Haddad, A. O. Bergland, H. Machado, T. B. Sackton, T. A. Schlenke, M. Watada, D. Wegmann, N. D. Singh, Drosophila suzukii: The Genetic Footprint of a Recent, Worldwide Invasion. Mol Biol Evol. 31, 3148–3163 (2014).

S. C. P. Renn, H. E. Machado, A. Jones, K. Soneji, R. J. Kulathinal, H. A. Hofmann, Using comparative genomic hybridization to survey genomic sequence divergence across species: a proof-of-concept from Drosophila. BMC Genomics. 11, 271 (2010).

H. E. Machado, S. C. P. Renn, A critical assessment of cross-species detection of gene duplicates using comparative genomic hybridization. BMC Genomics. 11, 304 (2010).

H. E. Machado, M. B. Cruzan, Intraspecific variation in gene expression under prolonged drought in Piriqueta hybrids and their parental taxa. Plant Science. 178, 429–439 (2010).